Examinando por Autor "Barazorda Ccahuana, Haruna Luz"
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Ítem Acceso Abierto Análisis bioinformático de derivados de la nicotina y metabolitos de plantas peruanas frente al receptor nicotínico de acetilcolina vinculada a la esquizofrenia(Universidad Católica de Santa María, 2025-09-22) Perales Apaza, Angel GabinoLa esquizofrenia es una de las enfermedades psiquiátricas más incapacitantes a nivel mundial y presenta una elevada tasa de mortalidad debido a la complejidad de sus síntomas. En este estudio, se evaluó mediante herramientas bioinformáticas la interacción de derivados de la nicotina y metabolitos de plantas peruanas con el receptor nicotínico de acetilcolina (α4β2), una diana terapéutica vinculada a esta patología. Se construyó una biblioteca de compuestos con similitud estructural ≥ 65 % con la nicotina a partir de la base de datos ChEMBL, así como metabolitos extraídos de la base de datos PeruNPDB. Se preparó la estructura del receptor nAChR (α4β2) y se realizaron estudios de cribado virtual, dinámica molecular y análisis de propiedades ADMET. Se identificaron 53 derivados de nicotina y 46 metabolitos con afinidades de unión superiores a la nicotina (–6.60 kcal/mol). Los análisis de dinámica molecular revelaron que la vareniclina presentó mayor estabilidad del complejo receptor–ligando que la nicotina, siendo superada por los compuestos PERUNPDB037 y CHEMBL4897703. La mayoría de los compuestos mostraron propiedades ADMET favorables. Estos resultados sugieren que varios derivados naturales y sintéticos podrían actuar como moduladores eficaces del receptor nAChR (α4β2), con potencial aplicación terapéutica en el tratamiento de la esquizofrenia.Ítem Acceso Abierto Cribado virtual de metabolitos secundarios presentes en líquenes con una alta afinidad a la acetilcolinesterasa vinculada con la enfermedad de Alzheimer(Universidad Católica de Santa María, 2025-09-18) Larico Ramirez, Leslie PamelaLa enfermedad de Alzheimer es un trastorno neurodegenerativo progresivo que afecta funciones cognitivas como la memoria, el lenguaje y el comportamiento. Una de las principales alteraciones observadas en esta enfermedad es la disminución de los niveles de acetilcolina, un neurotransmisor esencial en la transmisión de señales en el sistema nervioso central. La acetilcolina es degradada por la acetilcolinesterasa (AChE), por lo que inhibir su acción podría mejorar la función colinérgica y mitigar los síntomas cognitivos asociados con la enfermedad de Alzheimer. El objetivo de este estudio fue identificar metabolitos secundarios presentes en líquenes con alta afinidad por la AChE. Para ello, se emplearon métodos como el cribado virtual mediante acoplamiento molecular, el análisis de propiedades fisicoquímicas, farmacocinéticas y de toxicidad, así como simulaciones de dinámica molecular. Se optimizaron 251 metabolitos secundarios obtenidos de la base de datos LDB. La estructura de la AChE se extrajo del PDBRCSB, se completó mediante homología y se evaluó su calidad utilizando el diagrama de Ramachandran. Del análisis de cribado virtual, se identificaron 33 compuestos que mostraron mayor afinidad, cuyas propiedades ADMET fueron analizadas. Los compuestos 172, 179, 201 y 225 demostraron la capacidad de atravesar la barrera hematoencefálica, además de presentar mayor afinidad que el fármaco de referencia. Las simulaciones de dinámica molecular permitieron analizar la estabilidad del complejo AChE-ligando. En conclusión, se observó que el compuesto 172, identificado como calicina, se perfila como un candidato prometedor para el desarrollo de terapias dirigidas al tratamiento de la enfermedad de AlzheimerÍtem Acceso Abierto Estudio de la permeabilidad de membranas biológicas a ésteres de ftalato y análisis de la formación de poros por métodos bioinformáticos y simulaciones computacionales: alcances en el efecto de los aditivos para plásticos(Universidad Católica de Santa María, 2023-06-15) Vilca Ccalli, Ninfa MaribelLos ftalatos son unas moléculas sintéticas de uso industrial que le confieren propiedades de plasticidad a los plásticos, estos están incluidos dentro de diversos productos de uso cotidiano como: cuidado personal, alimentos, medicamentos, material médico, entre otros. En el presente trabajo se estudió la permeabilidad de membranas biológicas y análisis de la formación de poros de tres compuestos de ésteres de ftalato (dimetil ftalato, ftatalo de dietilo y ftatalo de dibutilo) a diferentes concentraciones por estrategias de simulación computacional. Se aplicaron técnicas de análisis de propiedades ADMET, modelado estructural y simulaciones de dinámica molecular. Los resultados de la simulaciones demostraron que los ftalatos son compuestos que ingresan fácilmente a las membranas biológicas y las concentraciones altas logran formar agregados. Como resultado se obtuvo que el dietil ftalato ingresa en menor tiempo a la membrana seguido del dimetil ftalato y luego el dibutil ftalato. Donde, dietil ftalato atraviesa la membrana en el siguiente orden: 30 unidades, 15 unidades, 50 unidades, y 1 unidad. Con respecto al dimetil ftalato el orden fue el siguiente: 1 unidad, 15 unidades, 30 unidades, y 50 unidades, mientras que para el dibutil ftalato el orden fue el siguiente: 1 unidad, 15 unidades, 30 unidades, y 50 unidades. En conclusion, podemos ver que los monomeros de los diferentes ftalatos atraviesan facilmente la membrana durante el tiempo de 100 ns y logran formar agregados los monomeros que no tuvieron contacto con la membrana. Finalmente, esta investigación nos brinda un alcance sobre la permeabilidad de membranas biológicas a ésteres de ftalato, utilizando herramientas computacionalesÍtem Acceso Abierto Evaluación del Complejo Supramolecular Ureasa de Helicobacter Pylori a Diferentes PHS y la Acción de Nuevos Inhibidores: Un Enfoque Teórico Computacional en Ciencias Biomédicas(Universidad Católica de Santa María, 2019-04-17) Barazorda Ccahuana, Haruna LuzLa infección por Helicobacter pylori es un problema de salud pública que afecta aproximadamente al 50% de la población mundial. Esta bacteria presenta diversos factores de patogenicidad, uno de los cuales es la ureasa, una proteína multimérica que cataliza la hidrólisis de la úrea a NH3 y CO2, lo que incrementa el pH del medio, permitiendo la supervivencia de H. pylori. La ureasa está conformada por dos subunidades y que componen un dodecámero altamente estable (( )3)4. El objetivo de este trabajo fue evaluar la estabilidad estructural de la ureasa a diferentes pHs y la búsqueda de nuevos inhibidores en base a un fármaco reportado en estudio clínico. Para ello se usaron técnicas de la física, química y biología computacional aplicada a modelos biológicos. Los resultaron nos mostraron que la ureasa es capaz de apoyar la supervivencia de H.pylori a condiciones de pHs bajos, debido a que posee 12 sitios catalíticos los cuales presentan dos iones de Ni+2 protegido por una solapa o flap que hace posible la apertura y cierre del sitio activo para el sustrato, susceptible a condiciones de pHs bajos. Además, se observó que a pH 2 existen más flaps abiertos que a pH 7. El análisis del acoplamiento receptor con ligando (úrea, ácido acetohidroxámico y cinco derivados del ácido acetohidroxámico) muestra que es necesario considerar al receptor con el flap abierto. La acetamida fue el derivado que presentó un acoplamiento similar a la úrea teniendo gran potencial para estudios futuros. En conclusión, se ha logrado comprender uno de los factores de supervivencia del H.pylori mediante la gran estabilidad de la ureasa a pHs bajos. Palabras clave: Helicobacter pylori, ureasa, pH, inhibidores, dinámica molecular.Ítem Acceso Abierto Expresión heteróloga y modelamiento estructural de nuevas LPMOs recombinantes degradadoras de biomasa lignocelulósica(Universidad Católica de Santa María, 2025-01-08) Barrios Gutierrez, Solange GraceLas monooxigenasas líticas de polisacaráridos (LPMOs del inglés Lytic polysaccharide monooxygenases) son enzimas fundamentales en la degradación de biomasa lignocelulósica, un proceso crucial para la producción de biocombustibles de segunda generación y otros productos de biorefinería. Considerando que los hongos filamentosos en la naturaleza producen una amplia variedad de LPMOs, las cuales son clave en la degradación de material vegetal, este estudio tiene como objetivo explorar nuevas LPMOs provenientes del hongo ascomiceto T. terrestris. El enfoque principal de este estudio fue la expresión heteróloga y el modelamiento estructural de las LPMOs recombinantes TtLPMO9K y TtLPMO9L, para dar a conocer nuevas enzimas con potencial aplicación en procesos industriales, mejorando la eficiencia en la despolimerización de celulosa, hemicelulosa y lignina. Se utilizó el vector pEXPYR para insertar los genes de interés y A.nidulans como sistema hospedador para la expresión heteróloga de las LPMOs. Ambas enzimas fueron expresadas exitosamente, logrando altos niveles de secreción proteica, con rendimientos de 1,45 mg/ml para TtLPMO9K y 3,2 mg/ml para TtLPMO9L. La actividad enzimática se verificó mediante un ensayo con 2,6 DMP, donde se observó la formación del producto cromogénico coerulignona, evidenciando actividades específicas de 23,4 ± 2 U/μg para TtLPMO9K y 32,8 ± 3,6 U/μg para TtLPMO9L. Adicionalmente, mediante herramientas bioinformáticas se determinaron las características moleculares y estructurales de cada proteína, como el coeficiente de extinción molar, peso molecular, punto isoeléctrico, dominios, péptido señal, y regiones clave. El modelamiento estructural se realizó con Alphafold y fue visualizado en ChimeraX, revelando diferencias estructurales para cada proteína. TtLPMO9K presentó tanto el dominio de la proteína como un módulo de unión al sustrato, mientras que TtLPMO9L mostró únicamente el dominio de la proteína. Los resultados obtenidos contribuyen significativamente al avance y desarrollo de aplicaciones para la desconstrucción de biomasa, abriendo nuevas oportunidades para la producción industrial de biocombustibles y productos de valor agregado.Ítem Acceso Abierto Interacción de la Región Poliglutamínica de la Proteína Que Genera la Enfermedad de Huntington con Osmolitos Orgánicos, por Métodos de Bioinformática(Universidad Católica de Santa María, 2006-06-13) Barazorda Ccahuana, Haruna LuzEnfermedades Neurodegenerativas Enfermedades Neurodegenerativas por Repeticiones Inestables Enfermedad de Huntington Huntingtina Patogenicidad de la Huntingtina Mutada Neuropatología de la Enfermedad de Huntington Fisiopatología Síntomas Físicos y Psicológicos Tratamiento Incidencia de la Enfermedad de Huntington en El Mundo Terapia con Osmoprotectores Osmolitos Función de los Osmolitos Orgánicos Bioinformática Modelamiento Molecular Modelamiento Proteico Campos de Fuerza para Modelamiento Molecular Optimización Geométrica Dinámica Molecular Interacción Proteína-Ligando Validación de Estructuras Termodinámica Estadística Metodología y Detalles Computacionales Equipos y Software Análisis de la Estructura Primaria de la Proteína Huntingtina Construcción del Primer Exón de la Huntingtina Nativa Construcción del Primer Exón de la Huntingtina Mutada Construcción de los Osmolitos Orgánicos Formulación de Nuevos Campos de Fuerza Optimización de la Geometría Dinámica Molecular de Estructuras Terciarias Docking de Estructuras Terciarias Minimización y Dinámica Molecular de Estructuras Cuaternarias Validación de Estructuras Obtención y Estudio de Parámetros Termodinámicos