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Análisis computacional de la estabilidad y afinidad de unión de inhibidores naturales y sintéticos sobre la proteína PARP-1 en la terapia del cáncer de mama triple negativo
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Fecha
2026-03-19
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Editor
Universidad Católica de Santa María
Resumen
El objetivo es evaluar la capacidad de compuestos naturales y sintéticos para inhibir la enzima PARP-1 mediante simulaciones moleculares, específicamente análisis de docking y dinámica molecular, para determinar su potencial como agentes terapéuticos para el cáncer de mama triple negativo (1)(6).
En la metodología se seleccionaron cinco compuestos de origen natural y cinco sintéticos, cuyas estructuras se obtuvieron de bases de datos y se representaron en 2D. La estructura de PARP-1 se preparó mediante simulaciones de dinámica molecular en condiciones fisiológicas (pH, temperatura, presión) usando GROMACS con el force field OPLS-AA, alcanzando un equilibrio en 500 ns de trayectoria (4). Posteriormente, se realizó un proceso de solvatación y neutralización, seguido de simulaciones de 10 ns en NVT y presión en NPT. Para el docking, se empleó Autodock Vina, realizando 2000 repeticiones por ligando en condiciones ciegas, seleccionando la mejor interacción por energía de enlace (3)(4)(5).
Los resultados mostraron que los compuestos sintéticos tienen una mayor afinidad por PARP- 1, con energías de interacción más negativas, en comparación con los compuestos naturales, que presentaron valores más ligeramente superiores. Las simulaciones de dinámica molecular confirmaron la estabilidad de los complejos, evidenciada en análisis de Ramachandran y parámetros estructurales como RMSD y radios de giro, que permanecieron estables durante las 100 ns. Se observó que, aunque los compuestos naturales tienen menor afinidad, aún inducen
la inhibición de PARP-1, sugiriendo su potencial para promover apoptosis celular.
El estudio concluye que los compuestos sintéticos muestran una mayor afinidad y estabilidad en la interacción con PARP-1, pero los compuestos naturales también presentan capacidad inhibitoria, aunque en menor grado. Esto indica que, en ausencia de compuestos sintéticos, los naturales pueden inhibir PARP-1 y promover apoptosis, lo cual es relevante para el desarrollo de nuevas terapias en el tratamiento del cáncer (1)(6). Además, los resultados respaldan la viabilidad de utilizar simulaciones computacionales para identificar potenciales inhibidores de PARP-1 de origen natural y sintético.
Descripción
Palabras clave
Mecánica molecular, docking, dinámica molecular