Caracterización in silico del microbioma subgingival en periodontitis frente a salud periodontal mediante análisis secuenciación 16s rrna de la Human Oral Microbiome Database (HOMD)

Gutierrez Gomez, Erika Magally

Caracterización in silico del microbioma subgingival en periodontitis frente a salud periodontal mediante análisis secuenciación 16s rrna de la Human Oral Microbiome Database (HOMD)

dc.contributor.advisor	Figueroa Banda, Rufo Alberto
dc.contributor.author	Gutierrez Gomez, Erika Magally
dc.date.accessioned	2026-06-16T16:03:57Z
dc.date.available	2026-06-16T16:03:57Z
dc.date.issued	2026-05-26
dc.description.abstract	Objetivo: Comparar la composición y diversidad del microbioma subgingival entre pacientes con periodontitis y personas con salud periodontal, mediante análisis computacional de secuencias 16S rRNA y anotación taxonómica basada en la Human Oral Microbiome Database (HOMD/eHOMD). Métodos: Se realizó un estudio observacional, retrospectivo, transversal, descriptivo-comparativo de tipo in silico sobre un conjunto de 85 muestras subgingivales (45 con salud periodontal y 40 con periodontitis). Las abundancias de 26 géneros bacterianos, mapeados a la taxonomía e HOMD V16.03 (820 taxones HMT únicos), fueron analizadas en Python 3.10 (SciPy, scikit-learn). La diversidad alfa se cuantificó mediante los índices de Shannon, Simpson (1-D) y riqueza observada, y fue comparada entre grupos con la prueba U de Mann-Whitney. La diversidad beta se evaluó mediante distancia de Bray-Curtis, ordenación por Análisis de Coordenadas Principales (PCoA) y PERMANOVA (999 permutaciones). La abundancia diferencial se evaluó con la prueba U de Mann-Whitney con corrección por tasa de descubrimiento falso (FDR) de Benjamini-Hochberg. Se construyó un clasificador Random Forest con validación cruzada 10-fold estratificada para identificar firmas microbianas discriminantes. Resultados: La diversidad alfa resultó significativamente mayor en el grupo Periodontitis (Shannon 2,750 ± 0,130) que en el grupo Salud (Shannon 2,547 ± 0,161; p = 4,23×10-⁸; r = 0,692). El PERMANOVA reveló una separación clara entre grupos (Pseudo-F = 43,47; R² = 0,344; p = 0,001), con el eje PCoA1 explicando el 32,1 % de la varianza. Veinticinco de los 26 géneros evaluados mostraron abundancia diferencial significativa (FDR < 0,05): 13 enriquecidos en periodontitis y 12 en salud. Los géneros con mayor enriquecimiento en periodontitis incluyeron Desulfobulbus (log2FC = 4,51), Fretibacterium (log2FC = 3,55), Tannerella (log2FC = 3,21) y Porphyromonas (log2FC = 3,07); mientras que Streptococcus, Corynebacterium, Actinomyces y Gemella dominaron en salud.
dc.format	application/pdf
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/20.500.12920/17066
dc.language.iso	spa
dc.publisher	Universidad Católica de Santa María	es_ES
dc.publisher.country	PE
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/	es_ES
dc.source	Universidad Católica de Santa María	es_ES
dc.source	Repositorio de la Universidad Católica de Santa María - UCSM	es_ES
dc.subject	Microbioma subgingival
dc.subject	Periodontitis
dc.subject.ocde	https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01
dc.title	Caracterización in silico del microbioma subgingival en periodontitis frente a salud periodontal mediante análisis secuenciación 16s rrna de la Human Oral Microbiome Database (HOMD)
dc.type	info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
dc.type.version	info:eu-repo/semantics/publishedVersion
renati.advisor.dni	30862017
renati.advisor.orcid	0005-0023-3452-3543
renati.author.dni	42136803
renati.discipline	911026
renati.juror	Rojas Valenzuela, Christian Vicente
renati.juror	Anaya Muñoz, Luis Alfredo
renati.juror	Valdivia Pinto, Patricia Marcela
renati.level	https://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesional
renati.type	https://purl.org/pe-repo/renati/type#tesis
thesis.degree.discipline	Odontología
thesis.degree.grantor	Universidad Católica de Santa María.Facultad de Odontología	es_ES
thesis.degree.name	Cirujano Dentista